El Puerto Bahía de Algeciras es un puerto situado en el sur de Andalucía (España). Se compone de numerosas infraestructuras marítimas diseminadas a lo largo de toda la bahía de Algeciras. Aunque solamente los cascos urbanos de Algeciras y La Línea de la Concepción se asoman a la bahía, existen también instalaciones portuarias en el resto de la ribera, perteneciente a los municipios de Los Barrios y San Roque. Es gestionado por la Autoridad Portuaria de la Bahía de Algeciras junto con el puerto de Tarifa.

Es el primer puerto de España en tráfico total de mercancías y el primero del mar Mediterráneo^{1​ y se encuentra el 25.º del mundo en transporte de contenedores y el 6.º de Europa.2​ En 2015 alcanzó los 98,2 millones de toneladas en tráfico total y más de 4,5 millones de contenedores.3​}

La Bahía de Algeciras también alberga el complejo industrial más grande de Andalucía y el segundo complejo más grande de España.

A diferencia de otros grandes puertos europeos, el actual puerto de la bahía de Algeciras es de creación bastante reciente. En época antigua el tráfico marítimo se centraba en Carteia, que fue abandonada en la Edad Media. Durante la presencia musulmana en la península ibérica, Algeciras fue el lugar de paso para el cruce del estrecho. En la reconquista la zona se convirtió en fronteriza con el Reino nazarí de Granada, lo que provocó que fuera arrasada y abandonada en 1379, y que la población se concentrara en Gibraltar.

Con la Toma de Gibraltar por el Reino Unido en 1704, la población huyó mayoritariamente y se distribuyó a lo largo de la bahía. Se crearon varios asentamientos, de los cuales el único situado en la ribera del mar fue la repoblación de Algeciras. Con la excepción del nuevo puerto de la colonia británica de Gibraltar, en la nueva distribución de la bahía no se crea ninguna instalación portuaria propiamente dicha hasta 1894, cuando se construyó un muelle de madera en la desembocadura del río de la Miel.

En 1906, coincidiendo con la Conferencia de Algeciras, se crea la Junta de Obras del Puerto y comienza su crecimiento. En 1913 empieza a construirse el Muelle de Galera, oficialmente llamado de Alfonso XIII, y en 1916 la Dársena de Villanueva.

Las ampliaciones en los muelles son cada vez más dificultosas debido a que comienzan a apoyarse en la Isla Verde y no en tierra firme. Para posibilitar la construcción en 1923 se instalan dos grandes grúas, Goliat y Titán, que izaban las piedras que llegaban en grandes barcazas, hasta la construcción en 1926 de un puente que unía la isla con tierra y por el que pasaba el ferrocarril. En 1930 se construye el muelle pesquero y en 1932 el dique norte que daba resguardo de los temporales.

El gran auge del puerto comienza en la segunda mitad del siglo XX. En 1964 se instala en la orilla de la bahía un complejo industrial y químico, cuyos máximos exponentes serían la refinería de Gibraltar-San Roque de Cepsa y la factoría de acero inoxidable de Acerinox. Estas instalaciones disponen de sus propios atraques al norte de la bahía para el manejo de las mercancías con las que trabajan, que fueron los primeros situados fuera del propio puerto de Algeciras y del término de Algeciras. Hasta ese momento, la pesca y el tráfico de pasajeros entre ambas orillas del estrecho de Gibraltar eran las actividades más importantes de la zona.