Localizado en la zona más al norte de Fuerteventura, el puerto tiene un acceso marítimo que en su fase final debe tomarse rumbo W. Para las embarcaciones de pequeño y medio porte no presenta ninguna dificultad excepto la derivada de la existencia de bajas rocosas en diversas zonas cercanas a la costa. Para los transbordadores el principal factor que condiciona la maniobra reside en la existencia de un bajo sin delimitación visible que constriñe por el S la zona de entrada y el área de maniobra en la dársena.
El dique principal del Puerto de Corralejo, de traza quebrada y que se extiende hacia el E, garantiza el abrigo en su interior, aunque los oleajes procedentes del primer y segundo cuadrante pueden alcanzar la zona de entrada con cierta energía, a pesar del abrigo parcial que le proporciona la isla de Lobos a toda la bahía de Corralejo.